Ajaran Nestorius jelas bertentangan dengan ajaran Alkitab bahwa yang dilahirkan Maria adalah Firman Allah yang menjadi manusia (Yoh. 1:1-14), ini dlm konteks KENOSIS, oleh sebab itu Anak yang dilahirkan Maria disebut Kristus, Tuhan (Lukas 2:11) dan Elizabeth pun menyebut Maria dengan istilah 'ibu Tuhanku' (Lukas 1:43). Pribadi Yesus Kristus seutuhnya Ilahiah dan seutuhnya insaniah. Dua kodrat ini (Ilahiah dan insaniah) ini jelas bukan membentuk 2 Pribadi yg berbeda dan terpisah seolah-seolah Pribadi Firman Allah yg kenosis itu 'menambahkan' pribadi lain yaitu pribadi kemanusiaan ke dalam diri-Nya lalu dianggap Yesus itu memiliki 2 Pribadi dan 2 kodrat yg berbeda dan terpisah juga. Alkitab mengajarkan yang walaupun dalam rupa Allah, tidak menganggap kesetaraan dengan Allah itu sebagai milik yang harus dipertahankan, melainkan telah mengosongkan diri-Nya sendiri, dan mengambil rupa seorang hamba, dan menjadi sama dengan manusia. (Filipi 2:6-7)
Pribadi Yesus Kristus tidak pernah absen sebagai Allah seutuhnya dan juga sebagai manusia seutuhnya karena Firman itu telah menjadi manusia, dan diam diantara kita. (Yoh.1:14). Lalu, apakah benar bahwa yang dilahirkan Maria hanyalah pribadi kemanusiaan (insaniah) Yesus bukan Pribadi Ilahiah Yesus? Alkitab mencatat bahwa Yesus adalah Firman yg menjadi manusia, jadi yg dilahirkan Maria adalah anak yg sepenuhnya Ilahiah dan insaniah, tapi Filipi 2:7 jelas menyatakan "dalam keadaan-Nya sebagai manusia", artinya bahwa 'kodrat' (fisis) insaniah yg terbatas inilah yg dilahirkan oleh Maria bukan 'pribadi' (hypostasis) insaniah lain yg terpisah ataupun 'kodrat' (fisis) ke-IlahianNya. Kodrat Keilahian Yesus sebagai Firman kekal jelas tidak berasal dari rahim Maria, tapi tubuh jasmaniah Firman yg berkenosis.
Sebab Allah itu Roh (Yoh.4:24). Kodrat keilahian Yesus tidak dilahirkan oleh Maria tapi berasal dari Allah Bapa dalam kekekalan-Nya tapi yang dilahirkan Maria adalah kodrat insaniah Yesus yg dlm keadaan-Nya sebagai manusia. Oleh sebab itu namanya disebutkan orang: Penasihat Ajaib (PELE YO'ETS), Allah yang Perkasa ('EL GIBOR), Bapa yang Kekal ('AVI'AD), Raja Damai (SHAR SHALOM) (Yesaya 9:5). Jadi, siapakah yang dilahirkan Maria? Firman Allah yang menjadi manusia. Konsep seperti ini akan membawa pada ajaran sesat Cerinthus yg dilawan oleh Rasul Yohanes di akhir abad pertama.
Cerinthus mengajarkan bahwa Pribadi 'Kristus' itu Ilahiah tetapi Pribadi 'Yesus' itu insaniah seolah-olah Yesus punya 2 Pribadi dan 2 kodrat yg berbeda dan terpisah, jadi saat penyaliban Pribadi 'Kristus' yg Ilahi itu keluar meningalkan Pribadi 'Yesus' yg insaniah itu. Pengaruh ajaran Gnostik ini jelas sama dengan pandangan Nestorius yg menganggap bahwa Yesus Kristus yg tersalib bukanlah Allah tetapi hanya manusia biasa, ini seolah-olah Yesus Kristus pernah 'absent' menjadi Allah saat menderita dikayu salib. Alkitab dalam Filipi 2:8 dikatakan bahwa "Dan dalam keadaan sebagai manusia, Ia telah merendahkan diri-Nya dan taat sampai mati, bahkan sampai mati dikayu salib". Jadi jelas yang menderita dan tersalib itu adalah Firman yang menjadi manusia. Lalu pertanyaan menarik selanjutnya: Apakah ketika Yesus mati di kayu salib, Sang Firman hidup itu mati? Tentu tidak! Yoh 4:24 jelas menyatakan bahwa Allah itu Roh, Dia bukan makhluk dan Imamat 17:14 menyatakan bahwa darah adalah nyawa segala makhluk. Jadi ketika Yesus mati disalib (lebih tepatnya MENYERAHKAN nyawa-Nya, bukan dicabut nyawa-Nya), tubuh insaniah-Nya lah yang mati tetapi Firman Allah itu kekal, oleh karena itu Yesus pernah berkata bahwa Dia berkuasa untuk memberikan dan mengambil nyawa-Nya kembali, artinya Sang Firman punya otoritas Ilahi atas nyawa makhluk hidup, termasuk tubuh inkarnasi-Nya.
Yohanes
10:17 Bapa mengasihi Aku, oleh karena Aku memberikan nyawa-Ku untuk menerimanya kembali.
10:18 Tidak seorangpun mengambilnya dari pada-Ku, melainkan Aku memberikannya menurut kehendak-Ku sendiri. Aku berkuasa memberikannya dan berkuasa mengambilnya kembali. Inilah tugas yang Kuterima dari Bapa-Ku."
Lalu bagaimana dengan istilah 'Teotokos' (Bunda Allah) yang ditolak Nestorius? Penolakan Nestorius jelas tidak Alkitabiah karena Bunda Maria memang dipanggil dengan sebutan 'ibu Tuhan' (Lukas 1:43). Arti panggilan 'Teotokos' bukan artinya Keilahian Yesus sebagai Sang Firman kekal berasal dari rahim Maria seolah-olah ke-Allahan Yesus lahir dari rahim Maria. Ini jelas asumsi yang keliru. Istilah 'Teotokos' (Bunda Allah) jelas bermakna bahwa anak yang dikandung Maria adalah dari Roh Kudus Allah (Matius 1:20), Dia adalah Firman Allah itu sendiri yg menjadi manusia (Yoh.1:14). Kalau Maria disebut 'Kristotokos' artinya bisa diasumsikan bahwa anak yg dikandung Maria adalah pribadi insaniah Kristus bukan pribadi Ilahiah-Nya, padahal dalam nubuatan PL, Messiah/Kristus Israel yg dijanjikan itu Ilahiah sekaligus insaniah. Nestorius seolah-olah ingin menekankan bahwa 'Kristus' hanya merujuk pada aspek insani, bukannya Ilahi-Nya. Jadi, sebutan 'Teotokos' lebih bisa diterima dibandingkan sebutan 'Kristotokos', karena sebutan 'Teotokos' menyatakan dengan jelas tentang inkarnasi Sang Firman kekal.
Di gereja-gereja Barat, istilah Hypotactic Union digunakan untuk menjelaskan kodrat Ilahiah dan insaniah dalam satu pribadi yaitu Yesus Kristus. Dua kodrat ini tidak terpisah dan tidak tercampur baur namun satu kesatuan dalam pribadi Yesus, jadi Yesus adalah sepenuhnya Allah (karena Dia adalah Sang Firman kekal) dan sepenuhnya manusia (karena Sang Firman berkenosis). Di gereja-gereja Timur muncul istilah Miafisit dan Diofisit. Kirilos dari Alexandria menggunakan istilah Miafisit untuk menentang ajaran Nestorius dari Anthiokhia. Keunikannya adalah pandangan ini mengajarkan bahwa Kristus yang berinkarnasi itu memiliki satu (mia) hakikat (φύσις, fisis), namun hakikat itu "berasal dari dua hakikat", yakni ilahiah dan insaniah, dan tetap mempertahankan semua karakteristik dari kedua hakikat itu. Gereja Byzantium mengajukan istilah Diofisit. Pandangan ini menyatakan dengan jelas bahwa Kristus memiliki dua hakikat dan menekankan bahwa kedua hakikat tersebut tidak tercampur baur, tanpa perubahan, tidak terbagi-bagi, tanpa pemisahan: Kristus sepenuhnya adalah satu pribadi (Bahasa Yunani: ὑπόστασις, hipostasis).